北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
北京大学肿瘤医院现有工程院院士1名、长江学者奖励计划特聘教授2名，自建院以来先后有4人获国家自然科学基金杰出青年、11人获突出贡献专家，42人获政府特殊津贴。现有教授43名、副教授81名、博士研究生导师59名、硕士研究生导师69名。
研究所建所以来，在肿瘤学基础理论研究、常见主要肿瘤的临床诊断与、胃癌、食管癌高发区现场的预防干预研究等领域均有创新与的成绩，在国内外颇具影响。
北京大学肿瘤医院以建设患者的国际化肿瘤集团中心为自己的发展愿景，坚持内生式发展、外延式增长两个发展方向，实施国内前列、国内、国际知名三个发展阶段，采取过硬的品牌学科、的管理团队、的专家队伍、人性化的医院文化思想四项发展措施，让每一位肿瘤患者在就医中获益。