一些免疫、自身免疫或代谢性的全身性疾病，如结节病，系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、皮肌炎、硬皮病等都可累及肺部。肺还具有非呼吸性功能，如肺癌异位性的产生和释放所产生内分泌综合证。
与其他系统疾病一样，周密详细的病史和体格检查是诊断呼吸系疾病的基础，X线胸部检查对肺部病变具有特殊的的重要作用。由于呼吸系疾病常为全身性疾病的一种表现，还应结合常规化验及其他特殊检查结果，进行综合分析，力求作出病因、解剖、病理和功能的诊断。
了解对肺部有毒性物质的职业和个人史。如是否接触各种无机、有机粉尘、发霉的干草、空调机；询问吸烟史时，应有年包数的定量记载；有无生食溪蟹或蝲蛄而可能感染肺吸虫一史；曾否使用可致肺部病变的某些，如博来霉素、乙胺碘酮可能引起肺纤维化、β-肾上腺素能阻滞剂可导致支气管痉挛、氨基甙类可引起呼吸肌肌力降低等；还有一些遗传性疾病，如支气管、肺泡微结石症等可有家族史。
血液检查
呼吸系统感染时，常规血白细胞和中性粒细胞增加，有时还伴有毒性颗粒；嗜酸粒细胞增加提示过敏性因素或寄生虫感染。外源性患者75%有lgE升高，可排除寄生虫感染。其他血清学抗体试验，如荧光抗体、对流免疫电泳、酶联免疫吸附测定等，对于病毒、支原体、等感染的诊断有一定帮助。