尽管锂电池二次资源的种类很多、含量差异很大，要找到1种统一的无害化处置模式是不可能的，但遵循一定的规律，可以减少回收利用过程中的二次污染，向着无害化的境界前进。
(1)回收利用工艺的性。在制定锂电池二次资源回收利用方案时，除了考虑锂电池的回收率以外，将回收利用过程中的二次废气、废液和废渣的治理问题放在与锂电池的回收利用率同等重要的地位。如果某一回收方案不能解决二次污染问题，则必须放弃该回收工艺。
(2)以废治废。用其它废弃物作为处置锂电池二次资源的原料，达到以废治废的目的，是锂电池废料无害化处置的较好方法。例如，用其它行业产生的酸性、碱性废水作为锂电池废料处置过程中的酸碱，以电镀废水作为锂电池废料处置过程中的含氰溶液等都能够达到以废治废的目的。对于含锂电池较高的固体废料，可以作为冶炼厂冶炼过程的添加物料，尽量减少单独处置锂电池二次资源的数量。
(3)生物处理。许多生物体对金银等锂电池有特殊的亲和力，利用某些特殊的和其它生物体处置含锂电池的废料具有较大的应用前景。该方法能够大大减少锂电池二次资源处置过程中的酸碱和氰化物的使用量，大大减少火法处置过程中的烟尘排放量。
(4)集中处理。将含锂电池的废料尽可能集中处置是减少二次资源回收利用过程中二次污染的一条有效途径。集中处置过程中能够充分利用各类废弃物的有用资源，利用较高投资的处置设备解决回收过程中的二次污染问题，尽可能向着无害化的程度迈进。
(5)滞后处理。对于目前暂时无法做到无害化处置的锂电池废料，将这些废料暂时集中放置是一条明智之举。例如，各类电器的板卡、显示器等如果没有真正的无害化处置方案，经过适当拆解后集中储存，待找到科学合理的无害化处置方案后再统一处置，比现在简单地用火法或酸碱浸泡处置要对环境有利得多。