税务代理的基本程序，是指税务代理人员，包括税务师和从事税务代理的业务助理人员，在执行税务代理业务时所遵循的基本工作步骤。由于税务代理的具体业务不同，税务代理的程序是不完全相同的，这里主要是基本的工作程序。
税务代理工作的开展过程，按其性质大体可分为3个阶段，即代理准备阶段、代理实施阶段和代理完成阶段。
(1)代理准备阶段。
代理准备阶段是整个代理工作的基础和起点，准备工作做得如何直接关系到代理工作的进度、质量乃至成败。当纳税人、扣缴义务人向税务代理机构提出委托代理的意向，代理机构通过调查了解，确定是否接受该项代理业务，代理和被代理双方充分协调取得一致意见后，签定委托税务代理协议书，并由税务师及其所在的税务代理机构和被代理人签名盖章。委托税务代理协议书是税务代理双方协商一致签定的文件，以此明确税务代理关系的成立，以及对约定事项的理解。协议书具有合约的性质，一经双方签字，即成为税务代理机构与委托人之间在法律上生效的契约。需要注意的是，《注册税务师资格制度暂行规定》中所确定的代理业务都是税务代理机构承办的。税务师及其业务助理人员不能直接接受委托人的委托，承办代理业务。
(2)代理实施阶段。
这是代理全过程的中心环节，其工作是按照税务代理计划，根据委托代理协议书约定的代理事项、权限、期限开展工作。
(3)代理完成阶段。
实质性的代理业务结束，这个阶段的工作主要是整理代理工作底稿，编制有关表格，并将有关资料存档备查。
税务代理关系的终止包括自然终止、被代理人终止、税务代理人终止。自然终止是指税务代理时间已经到期，税务代理委托合同书届时失去效力，税务代理关系自然解除。
另外，税务代理机构作为独立核算自收自支管理的中介机构，对其收入和所得负有纳税义务，按照税法规定，税务代理机构应缴纳营业税、企业所得税、教育费附加等。